신후재는 1660년(현종 1) 사마시를 거쳐 식년문과에 을과로 급제, 승문원(承文院)에 등용되었다가 지평·부교리 등을 역임했다. 1679년(숙종 5) 강원도관찰사가 되었고 이듬해 경신대출척(庚申大黜陟)으로 남인(南人)이 제거될 때 삭직되었으며 1689년 기사환국(己巳換局)으로 남인이 집권하자 도승지 등을 지냈다.
그 후 사은겸진주주청부사(謝恩兼陳奏奏請副使)로 청나라에 다녀와서 강화부유수·개성부유수·한성부판윤을 지냈다. 1694년 갑술옥사가 일어나자 서인(西人)에 의해 여주(驪州)에 유배되었다가 1697년 석방되었다. 이후 충청북도 음성군 감곡면 문촌리에 은거하며 백련재(白蓮齋)를 짓고 학문에 전념하였다.